Einzigartige Wandmalereien schmücken den Kreuzgang.
Das Kloster wurde 1130 als Augustiner Chorherrenstift gegründet. Die Gesamtanlage ist im Mittelalter wesentlich größer gewesen als heute. Die Anfänge der Augustinerchorherren sind bis auf das 11. Jahrhundert zurück zu führen. Durch den Zusammenschluss mit der Pfarrei Tuntenhausen, schon damals eine Mariengnadenstätte, wurde das Kloster Beyharting bekannter. Ein Kirchturm ist aber erst mit der Inkorporierung der Pfarrei Schönau im Jahre 1420 möglich gewesen. Bis zur Blütezeit des Stifts im 18. Jahrhundert waren weniger als 20 Konventualen ansässig. Im Rahmen des 600-jährigen Jubiläums im Jahre 1730 ist das Kloster renoviert und die Stiftskirche gen Westen verlängert worden. Mit Fresken und Stuck wurde das Innere der Pfarrkirche in ein frühes Rokoko vom damaligen Münchner Hofstuckator und Freskant Johann Baptist Zimmermann (1680 - 1758) umgestaltet. Daher trägt die Kirche auch den Namen St. Johann von Baptist.
Das Augustinerchorherren-Kloster ist im Jahre 1802 im einstigen kurbayerischen Landgericht Aibling säkularisier worden. Hierher war die Pfarrei Tuntenhausen mit ihrer bedeutenden Wallfahrt inkorporiert.
Heute sind im Klostergebäude unter anderem ein Kindergarten, ein kleines Museum sowie öffentlich zugängliche Räume untergebracht.
